2009年12月25日金曜日

OpenBabel:SuperCanonicalizer()

前回はSmilesの/と\で表現される立体異性体の問題を解決してOKかと思ったのですが、またも落とし穴を発見。

それは@です。

@と@@は原子のChirality(鏡像異性)を表してあり、それぞれ反時計回り、時計回りのChiralを表します。

SuperCanonicalをするためにはこのChiralityを取り除く必要があります。

OpenBabelのOBMolクラスにはIsChiral()というMethodがあり原子がChiralかどうか判定できます。これがTrueのときにUnsetStereo()を適用することでChiralを消すことが出来ます。


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