Pharmaceutical Developer's Note
C#, R, .NET, Python, Cheminformaticsについて・・・
2009年12月25日金曜日
OpenBabel:SuperCanonicalizer()
前回はSmilesの/と\で表現される立体異性体の問題を解決してOKかと思ったのですが、またも落とし穴を発見。
それは@です。
@と@@は原子のChirality(鏡像異性)を表してあり、それぞれ反時計回り、時計回りのChiralを表します。
SuperCanonicalをするためにはこのChiralityを取り除く必要があります。
OpenBabelのOBMolクラスにはIsChiral()というMethodがあり原子がChiralかどうか判定できます。これがTrueのときにUnsetStereo()を適用することでChiralを消すことが出来ます。
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