OpenBabel：SuperCanonicalizer()

前回は価数の超過に対応して、もうこれで大丈夫と思ったのですが、またまた落とし穴を発見。

今回はStereo Isomerです。

Smilesでは/はUpper Bond、\はDown Bondを表します。これらもinchiで除けるかと思ったのですがだめでした。inchiをかえしてもUpper/Downはそのままでした。

これは一発のコマンドではどうしようもなかったので

foreach (OBBond oneBond in Mol.Bonds())

{

    if(OneBond.IsUp()){oneBond.UnsetUp();}

    if(OneBond.IsDown()){oneBond.UnsetDown();}

}

というような感じで、一個一個Bondをチェックして標準化しました。

しかし、SmilesのくせにStereo Isomerを表現するとは生意気だ。

まだ落とし穴があるかも・・・。