OpenBabel : Frameworkerを作ろう

Frameworkを作るためには化合物の「Ring」と「Linker」を明確に分ける必要があります。
でも私の環境でこの「Linker」を認識するのはISIS Baseしかなく、他のシステムへの実装がちょっと難しい。

で、OpenBabel＋VisualStudio2008（C#）でこの「FrameWorker」を作っています。

考え方としてはこんな感じ。

1. 化合物をSmilesで表記する
2. Smartsを「aA」とする
3. 化合物をこのSmartsにかけると、Aromatic any atom - Aliphatic any atomで切れる。つまり芳香環とLinkerまたは側鎖の間が切れる
4. 構造を完全に切ってしまうのではなく、「切れ目」の状態で化合物を保持しておく
5. 切れ目を参考にして、化合物を「Fragment」に分ける
6. 切れ目を参考にして、FragmentとFragmentを連続的につないでいく。このとき、Fragmentと隣り合うFragmentを管理しておくと、一つのFragmentから連続的につながった部分構造が取れる
7. Aromatic Ringをスタートとして奇数セット（3Fragment、5Fragment・・・）とつないでいけばAromatic ～Aliphatic ～Aromatic の順で部分構造が取れる。すなわちこれがひとつの「Framework」になる
8. 重原子の種類を無視する場合は、処理後にすべての原子をa,Aなどに置き換えれば、あとですぐSmartsに変更できる

この考え方でOpenBabelを使ったFrameworkerを作りつつあります。今のところ6.の途中までできました。明日は7.まで行って動作確認します。

でも、ちょっと問題が・・・。化合物の構造を舐めまくるのでforeachの嵐になってます。実運用したときに処理時間が結構長くなりそうで怖い。