PythonでOpenBabelを使う

TIBCO Spotfire3.1が欧米でリリースされ、日本国内でも近々リリースされると思います。

今回のリリースでの目玉はTextView上でのスクリプトの実行が可能になり、ガイドっぽいことができるようになるのとHeatMapのサポート、Bar&LineChartなどいろいろありますが（詳細）、地味ですがIronPythonのScriptのサポートがあります。

これを機にちょっとPythonを勉強しておこうと思って、環境を作ります。詳細はこちら。

1. Python2.6をインストール　http://www.python.org/download/
• 最新版は3.1なのですがOpenBabelで構造表示に使うPILとOASAが2.6までしか対応していないので。
2. Pythonのパスを設定
3. OpenBabel GUIをインストール
4. OpenBabelのパスを通す
1. PATHにI:\Program Files\OpenBabel-2.2.3を追加
5. 環境変数「BABEL_DATADIR」をセット
1. 例えば、set BABEL_DATADIR=I:\Program Files\OpenBabel-2.2.3な感じ
6. OpenBabel Python bindingsをインストール
7. PILとOASAをインストール、いずれもPython2.6用を入れます
8. OpenBabeｌのWebにあるテストスクリプトを動かしてみる

テストスクリプトのうち「mol.make3D()」を実行してみて、

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*** Open Babel Error  in OpenBabel::OBForceFieldMMFF94::ParseParamFile

  Cannot open parameter file

こんなエラーが出る場合は、環境変数のBABEL_DATADIRが正しくセットされていない時です。コマンドプロンプトでecho %BABEL_DATADIR%とやってみてOpenBabelのGUIのインストールフォルダーが出ることを確認しましょう。