PythonでOpenBabelを使う ～Pybelを使う

PybelはOpenBabelの様々なクラス・メソッドの中でよく使う物をPython用に定義したお便利環境です。

詳細は
http://openbabel.org/wiki/Using_OpenBabel_from_Python#Pybel
http://openbabel.org/pybel.html

例えばSDファイルを読み込んでMolに変換して構造を表示するのは簡単。


from pybel import *


inSdFilePath = "test.sdf"
mols = readfile("sdf", inSdFilePath)
for mol in mols:
    mol.make3D()
    mol.draw()      #OASAがインストールされていれば構造を表示する