PythonでOpenBabelを使う ～SDファイル

とりあえず基本的なやつ。

openbabeltest.py

# coding: shift-jis

from openbabel import *

def ReadSdFile(inSdFilePath="test.sdf"):

    #inSdFilePath = "test.sdf"

    conv = OBConversion()

    answer = conv.SetInAndOutFormats("sdf","can")

    mol  = OBMol()

    end_flag = conv.ReadFile(mol,inSdFilePath)

    smiles = []

    while end_flag:

        smile = conv.WriteString(mol).split('\t')[0]    # Smiles文字のみをSplitする

        smiles.append(smile)

        answer = mol.Clear()

        end_flag = conv.Read(mol)

    return smiles

    

# main

smilesStrigList = ReadSdFile()

for smiles in smilesStrigList:

    print smiles

コマンドプロンプト

I:\Python>python openbabeltest.py

ClCC(=O)NC1=C(SCC1)C(=O)OC

COC(=O)C1=C(CCS1)NC(=O)c1ccccc1

COC(=O)C1=C(CCS1)NC(=O)c1cccc(C)c1

COC(=O)C1=C(CCS1)NC(=O)c1ccccc1Cl

COC(=O)C1=C(CCS1)NC(=O)c1ccc(C)c(C)c1