IUPAC名からSmilesを起こす

ということで苦労しまくったIUPAC名からSmilesを起こすプロジェクトですが、最終的には以下のような流れになりました。

１）Opsin0.5.3でIUPAC名をCMLに変換
２）CDKでCMLをIMoleculeに変換
３）CDKでIMoleculeからMolファイル形式に変換
４）OpenBabelでMolファイルからSmilesに変換

フォームアプリケーション的はコードを書きます。Smilesにするだけなら2次元構造は必要なないのですが、忘記録的に入れときます。この流れがdelegateでも動いたらOkですな。




using System;
using System.Windows.Forms;
using System.IO;
using System.Diagnostics;


using org.openscience.cdk.io;
using org.openscience.cdk;
using org.openscience.cdk.interfaces;
using org.openscience.cdk.layout;
using java.io;


using uk.ac.cam.ch.wwmm.opsin;
using OpenBabel;



namespace OpsinTest
{
    public partial class Form1 : Form
    {
        NameToStructure nts = null;



        public Form1()
        {
            InitializeComponent();
            nts = new NameToStructure();
        }



        private void button3_Click(object sender, EventArgs e)
        {
            string IUPAC = textBox1.Text;


            try
            {
                textBox2.Text = "";
                Application.DoEvents();


                // Create CML from IUPAC name (Opsin)
                string cml = nts.parseToCML(IUPAC).toXML();
                
                // Convert CML to IMolecule (CDK)
                StringBufferInputStream str_stream  = new StringBufferInputStream(cml);
                
                CMLReader cmlr = new CMLReader();
                cmlr.setReader(str_stream);


                ChemFile chemFile = new ChemFile();
                ChemFile chem = (ChemFile)cmlr.read(chemFile);


                IMolecule mol = chem.getChemSequence(0).getChemModel(0).getMoleculeSet().getMolecule(0);


                // Convert from IMolecule to SD (CDK)
                java.io.StringWriter sww = new java.io.StringWriter();
                MDLWriter mw = new MDLWriter(sww);
                StructureDiagramGenerator sdg = new StructureDiagramGenerator();


                sdg.setMolecule(mol);
                sdg.generateCoordinates();
                mol = sdg.getMolecule();
                mw.write(mol);
                string sd = sww.toString();


                // Convert from SD to smiles (OpenBabel)
                OBMol obMol = new OBMol();
                OBConversion obConv = new OBConversion();
                if (!obConv.SetInAndOutFormats("mol", "can")) { return; }
                if (!obConv.ReadString(obMol, sd)) { return; }


                textBox2.Text = obConv.WriteString(obMol);


                obMol.Dispose();
                obConv.Dispose();
                obMol = null;
                obConv = null;
            }
            catch (Exception ex)
            {
                string mes = ex.Message;
                textBox2.Text = mes;


            }
        }

    }
}