Oracleの格納した文字列に対して10g以上では正規表現が使えるようです。
http://www.atmarkit.co.jp/fdb/rensai/sqlclinic01/sqlclinic01_1.html
化合物の部分構造情報を文字列としてCLOBに格納しておいても正規表現で検索できるので何かに使えそう。
select CompId from CompDB where REGEXP_LIKE(CompKey, 'c1ccccc1|C1CCCCC1')
でベンゼンとシクロヘキサンを含む構造が取得できるとか。
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