.NETでCDKを使う

CDKはjavaのmolecular class libraryのようなものです。java版のpipeline pilotであるKnimeではメインのChemistry engineとして採用されています。

CDKを.NET環境で使うためのやり方が紹介されていたのでやってみました。

Using the CDK with the .Net framework and Mono

まずjavaのjarファイルを.NETのクラスライブラリー化するためのツールIKVMをダウンロードします。私が落としたのは「ikvmbin-0.42.0.3」です。

ついでCDKのjarファイルを落とします。私が落としたのは「cdk-1.2.4.1.jar」です。

IKVMを使ってこのCDKをdll化します。
コマンドプロンプトでikvm.exeのあるフォルダーに移動して

ikvmc -assembly:cdk_dotnet -target:library cdk-1.2.4.1.jar

と打つとcdk_dotnet.dllが出来ます。この際にWarningが多く出ますが無視。

VisualStudio2008のC#のコンソールアプリケーションを作成して、参照設定にcdk_dotnet.dllを含めikvmのbinフォルダーの中のdllをすべて登録します。

これでCDKが使えるようになりました。

具体的なコードは上記のサンプルコードを参照してください。Molファイルを読み込んで計算値を出力してくれました。

using System;

namespace CDK_test

{

    //Using aliases for convenience and to avoid importing whole

    //packages

    using FReader = java.io.FileReader;

    using TPSA = org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular.TPSADescriptor;

    using LogP = org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular.XLogPDescriptor;

    using DoubleResult = org.openscience.cdk.qsar.result.DoubleResult;

    using Builder = org.openscience.cdk.DefaultChemObjectBuilder;

    using IMol = org.openscience.cdk.interfaces.IMolecule;

    using MolReader = org.openscience.cdk.io.iterator.IteratingMDLReader;

    using Consts = org.openscience.cdk.CDKConstants;

    class Program

    {

        static void Main(string[] args)

        {

            FReader fReader = new FReader("C:\Test.mol");

            MolReader molReader = new MolReader(fReader, Builder.getInstance());

            IMol mol;

            DoubleResult dr;

            LogP logP = new LogP();

            TPSA tpsa = new TPSA();

            double logPVal, tpsaVal;

            string name;

            while (molReader.hasNext())

            {

                mol = (IMol)molReader.next();

                dr = (DoubleResult)logP.calculate(mol).getValue();

                logPVal = dr.doubleValue();

                dr = (DoubleResult)tpsa.calculate(mol).getValue();

                tpsaVal = dr.doubleValue();

                //the title of each mol in the file is the name of the mol

                name = (String)mol.getProperty(Consts.TITLE);

                Console.WriteLine("{0} {1} {2}", name, logPVal, tpsaVal);

            }

            Console.ReadLine();

        }

    }

}

今回は純粋な.NETのclass libraryしか参照していないので、そのままSpotfireのツールに出来そうです。