PythonでOpenBabelを使う ～Pybelを使う

PybelはOpenBabelの様々なクラス・メソッドの中でよく使う物をPython用に定義したお便利環境です。

詳細は
http://openbabel.org/wiki/Using_OpenBabel_from_Python#Pybel
http://openbabel.org/pybel.html

例えばSDファイルを読み込んでMolに変換して構造を表示するのは簡単。


from pybel import *


inSdFilePath = "test.sdf"
mols = readfile("sdf", inSdFilePath)
for mol in mols:
    mol.make3D()
    mol.draw()      #OASAがインストールされていれば構造を表示する

PythonでOpenBabelを使う ～SDファイル

とりあえず基本的なやつ。

openbabeltest.py

# coding: shift-jis

from openbabel import *

def ReadSdFile(inSdFilePath="test.sdf"):

    #inSdFilePath = "test.sdf"

    conv = OBConversion()

    answer = conv.SetInAndOutFormats("sdf","can")

    mol  = OBMol()

    end_flag = conv.ReadFile(mol,inSdFilePath)

    smiles = []

    while end_flag:

        smile = conv.WriteString(mol).split('\t')[0]    # Smiles文字のみをSplitする

        smiles.append(smile)

        answer = mol.Clear()

        end_flag = conv.Read(mol)

    return smiles

    

# main

smilesStrigList = ReadSdFile()

for smiles in smilesStrigList:

    print smiles

コマンドプロンプト

I:\Python>python openbabeltest.py

ClCC(=O)NC1=C(SCC1)C(=O)OC

COC(=O)C1=C(CCS1)NC(=O)c1ccccc1

COC(=O)C1=C(CCS1)NC(=O)c1cccc(C)c1

COC(=O)C1=C(CCS1)NC(=O)c1ccccc1Cl

COC(=O)C1=C(CCS1)NC(=O)c1ccc(C)c(C)c1

PythonでOpenBabelを使う

TIBCO Spotfire3.1が欧米でリリースされ、日本国内でも近々リリースされると思います。

今回のリリースでの目玉はTextView上でのスクリプトの実行が可能になり、ガイドっぽいことができるようになるのとHeatMapのサポート、Bar&LineChartなどいろいろありますが（詳細）、地味ですがIronPythonのScriptのサポートがあります。

これを機にちょっとPythonを勉強しておこうと思って、環境を作ります。詳細はこちら。

1. Python2.6をインストール　http://www.python.org/download/
• 最新版は3.1なのですがOpenBabelで構造表示に使うPILとOASAが2.6までしか対応していないので。
2. Pythonのパスを設定
3. OpenBabel GUIをインストール
4. OpenBabelのパスを通す
1. PATHにI:\Program Files\OpenBabel-2.2.3を追加
5. 環境変数「BABEL_DATADIR」をセット
1. 例えば、set BABEL_DATADIR=I:\Program Files\OpenBabel-2.2.3な感じ
6. OpenBabel Python bindingsをインストール
7. PILとOASAをインストール、いずれもPython2.6用を入れます
8. OpenBabeｌのWebにあるテストスクリプトを動かしてみる

テストスクリプトのうち「mol.make3D()」を実行してみて、

==============================

*** Open Babel Error  in OpenBabel::OBForceFieldMMFF94::ParseParamFile

  Cannot open parameter file

こんなエラーが出る場合は、環境変数のBABEL_DATADIRが正しくセットされていない時です。コマンドプロンプトでecho %BABEL_DATADIR%とやってみてOpenBabelのGUIのインストールフォルダーが出ることを確認しましょう。

Haskell入門その4

再帰処理
---------------------------------------
--  Listの長さを取得する
---------------------------------------
mylength          :: [a] -> Integer  -- 型宣言
mylength []       = 0                -- リストの最後の定義
mylength (x:xs)   = 1 + mylength xs  -- 先頭以外のリストを再帰計算
{-
  x=最初の要素、xs=残りのリスト
  head                    :: [a] -> a
  head (x:xs)             =  x
  tail                    :: [a] -> [a]
  tail (x:xs)             =  xs

  使い方
  I:\haskell>ghci
  Prelude> :l test012.hs
  *Main> mylength [1..999]
  999
-}

ちょっとわかってきたような気になってきたことが示唆される

Haskell入門その3

module Main

  where

import IO

import Random

main = do

  hSetBuffering stdin LineBuffering

  num <- randomRIO (1::Int, 100)

  putStrLn "I'm thinking of a number between 1 and 100"

  doGuessing num

doGuessing num = do

  putStrLn "Enter your guess:"

  guess <- getLine

  let guessNum = read guess

  if guessNum < num

    then do putStrLn "Too low!"

            doGuessing num

    else if read guess > num

    then do putStrLn "Too high!"

            doGuessing num

    else do putStrLn "You Win!"

    

これをコンパイルしてみた

I:\haskell>ghc --make test011.hs -o test011.exe

なんじゃ、このバカでかいファイルは！？

Haskell入門その2

回帰


{----------------------------
  N!
-----------------------------}
my_factorial 1 = 1
my_factorial n = n * my_factorial (n-1)
{----------------------------
  べき乗
  a^b
-----------------------------}
my_exponent a 1 = a
my_exponent a b = a * my_exponent a (b-1)
{----------------------------
  フィナボッチ数列
  n番目のフィナボッチ数を求める
-----------------------------}
fina 1 = 1
fina 2 = 1
fina n = fina (n-2) - fina (n-1)
{----------------------------
  a : b
-----------------------------}
mult a 0 = 0
mult a b = a + mult a (b-1)

GHCIからhsファイルを読み込む


I:\haskell>ghci
Prelude> :l test008.hs
*Main>

Haskell入門その1

test001.hs

module BMI where
type BMI = Double
stdBMI :: BMI
stdBMI = 22.0
type Height = Double
type Weight = Double
bmi :: (Height, Weight) -> BMI
bmi (h,w) = w / (h ^ 2)


コマンドプロンプト

I:\haskell>ghci test002.hs
GHCi, version 6.12.1: http://www.haskell.org/ghc/ :? for help
Loading package ghc-prim ... linking ... done.
Loading package integer-gmp ... linking ... done.
Loading package base ... linking ... done.
Loading package ffi-1.0 ... linking ... done.
[1 of 1] Compiling BMI ( test002.hs, interpreted )
Ok, modules loaded: BMI.
*BMI> bmi(1.71,79.5)
27.18785267261722


う～む、まだ楽しくない