CDKはjavaのmolecular class libraryのようなものです。java版のpipeline pilotであるKnimeではメインのChemistry engineとして採用されています。
CDKを.NET環境で使うためのやり方が紹介されていたのでやってみました。
Using the CDK with the .Net framework and Mono
まずjavaのjarファイルを.NETのクラスライブラリー化するためのツールIKVMを
ダウンロードします。私が落としたのは「ikvmbin-0.42.0.3」です。
ついでCDKのjarファイルを
落とします。私が落としたのは「cdk-1.2.4.1.jar」です。
IKVMを使ってこのCDKをdll化します。
コマンドプロンプトでikvm.exeのあるフォルダーに移動して
ikvmc -assembly:cdk_dotnet -target:library cdk-1.2.4.1.jar
と打つとcdk_dotnet.dllが出来ます。この際にWarningが多く出ますが無視。
VisualStudio2008のC#のコンソールアプリケーションを作成して、参照設定にcdk_dotnet.dllを含めikvmのbinフォルダーの中のdllをすべて登録します。
これでCDKが使えるようになりました。
具体的なコードは上記のサンプルコードを参照してください。Molファイルを読み込んで計算値を出力してくれました。
using System;
namespace CDK_test
{
//Using aliases for convenience and to avoid importing whole
//packages
using FReader = java.io.FileReader;
using TPSA = org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular.TPSADescriptor;
using LogP = org.openscience.cdk.qsar.descriptors.molecular.XLogPDescriptor;
using DoubleResult = org.openscience.cdk.qsar.result.DoubleResult;
using Builder = org.openscience.cdk.DefaultChemObjectBuilder;
using IMol = org.openscience.cdk.interfaces.IMolecule;
using MolReader = org.openscience.cdk.io.iterator.IteratingMDLReader;
using Consts = org.openscience.cdk.CDKConstants;
class Program
{
static void Main(string[] args)
{
FReader fReader = new FReader("C:\Test.mol");
MolReader molReader = new MolReader(fReader, Builder.getInstance());
IMol mol;
DoubleResult dr;
LogP logP = new LogP();
TPSA tpsa = new TPSA();
double logPVal, tpsaVal;
string name;
while (molReader.hasNext())
{
mol = (IMol)molReader.next();
dr = (DoubleResult)logP.calculate(mol).getValue();
logPVal = dr.doubleValue();
dr = (DoubleResult)tpsa.calculate(mol).getValue();
tpsaVal = dr.doubleValue();
//the title of each mol in the file is the name of the mol
name = (String)mol.getProperty(Consts.TITLE);
Console.WriteLine("{0} {1} {2}", name, logPVal, tpsaVal);
}
Console.ReadLine();
}
}
}
今回は純粋な.NETのclass libraryしか参照していないので、そのままSpotfireのツールに出来そうです。
